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16p11.2微缺失综合征案例分享
拷贝数变异（ copy number variation，CNV） 是遗传性疾病的重要遗传变异类型，与发育迟缓/智力低下（DD/ID）、多发畸形（MCA）、自闭症谱系障碍（ASD）等密切相关。染色体芯片分析（CMA）是遗传病分子诊断中的CNV检测的主要方法，但近年来随着全外显子组测序（WES）的推广应用，利用WES数据开展CNV检测已日益普及。在遗传性疾病分子诊断临床实践中，基于WES数据进行CNV预测，必要时结合CMA进行结果的验证，这一策略可能是临床分子诊断中具有较高性价比的选择。
案例分享
【患者信息】
患儿，男，11岁；
就诊时身高152cm，体重70kg，骨龄预测身高160cm，第二性征无;患儿注意力缺陷，近两年有抽动表现，学习成绩差;
其他病史：出生体重3.4kg，喂养顺利；自出生后3个月体重超重，在第99百分位线以外，身高50百分位线附近。
【初步诊断】
临床最初怀疑为Prader-willi综合征，故运用多重连接探针扩增技术（MLPA）对15q11-q13区域进行检测，结果显示阴性。
【WES检测】
为确定患儿病因，对其进行JunoXomeTM全外显子测序（WES）。检测结果显示受检者PAK3基因上存在错义变异c.C667T，该变异较为罕见，遗传自无表型的母亲;目前暂无文献报道，且未收录在HGMD、ClinVar数据库中;各功能软件对该位点预测倾向于“致病性”。根据美国医学遗传学会（ACMG）对基因变异临床意义分类标准，此变异为“临床意义不确定的变异（VOUS）”。
PAK3基因变异可导致X连锁精神发育迟滞，该疾病呈X连锁隐性遗传。该病好发于儿童，临床多表现出智力低下、多动、癫痫、认知功能障碍等。
图1 PAK3基因变异的Sanger测序验证结果
找到PAK3基因变异后，与临床医生进行沟通，发现该基因变异与患儿的主要表征符合度不高。
难道该患者存在其他类型的变异？
接下来，我们进一步对WES数据进行CNV分析，结果发现16号染色体区域16p11.2区域存在一段约400kb~600kb的杂合缺失;该区域包含PRRT2、ALDOA、TBX6等多个OMIM基因。
对此区域进行文献检索，发现该区域的缺失可导致16p11.2微缺失综合征，该综合征的临床表型异质性高，临床表型包括发育迟缓、智力障碍、自闭症、语言发育迟缓、社交和沟通能力受损、癫痫发作、耳位低置以及肥胖风险增加。
之后，我们又用染色体芯片分析（CMA）进行验证，结果显示16p11.2区域存在500kb的杂合缺失。
图2 16p11.2缺失CMA验证结果
结论
结合WES和CMA检测结果，发现16p11.2区域微缺失导致的表型与受检者表型一致。接下来仍需要对受检者智力、社会生活能力等方面进行进一步检查和评估。
16p11.2微缺失综合征 简介
16p11.2 微缺失综合征是一类先天性基因缺失的疾病，其人群发生率约为3/10000。其患者间表型异质性明显，具有相同基因型的个体表型各异，可表现为正常或异常[1-3]，且其外显率不同；同一家系内携带者的表型也存在异质性，如缺失部位相同的同卵双胞胎临床表现差异巨大等。
16p11.2微缺失综合征相关表型包括：
1.神经系统
Ø 自闭症谱系障碍（ASDs）：0.5%的ASDs是由16p11.2缺失所致。众多研究[1,4-6]显示16p11.2缺失在ASDs中发生率远高于正常人群，使ASDs危险性增加了38.7倍。
Ø 智力障碍/发育迟缓（ID/DD）和语言发育迟缓：大多数16p11.2微缺失综合征患者有不同程度的发育迟缓，特别是在语言表达与认知功能方面，患者常延误至2岁后才会表达单个字、3岁之后才可说出词组[1,7]。
Ø 其他精神疾病：Weiss 等[1]报道16p11.2缺失征患者有精神分裂症、癫痫、双相情感障碍、注意力不足、多动症、恐慌症等临床表现。同时，Guha 等[8]研究发现16p11.2 末端缺失与精神分裂症相关，并使其危险度增加6.25倍;Zufferey 等[9]的研究表明16p11.2 缺失患者神经紊乱症状中，癫痫发病率最高，另有极小部分患者会出现阵发性运动功能障碍，其致病基因可能是PRRT2 。
2.内分泌和运动系统
Ø 肥胖：16p11.2缺失患者肥胖的外显率有年龄依赖性，2岁以下患者体重正常；儿童期体重超重或肥胖；青少年和成人则表现为肥胖[9-11]。
Ø 脊柱畸形：包括脊柱侧弯[12]、脊柱空洞症[13]、半椎体[10]等。
Ø 巨头畸形：对16p11.2缺失者和正常人群头围等数据进行统计分析发现患者中有2/3表现出巨头畸形[14]。
3.泌尿系统和消化系统
3例先天性肾脏和尿道畸形、先天性巨结肠症的病例均携带有16p11.2 缺失，进行全基因组芯片分析表明其致病原因是16p11.2区域中SH2B1基因的缺失[15] 。
4.免疫系统
有研究报道[16]16p11.2 缺失患者合并严重联合免疫缺陷病（SCID），该患者未缺失的16号染色体上CORO1A基因突变，引起细胞骨架调节异常，影响T细胞的存活和释放，从而使得免疫缺陷。
5.心血管系统
携带16p11.2 缺失者表现心血管异常，如主动脉瓣狭窄、房间隔缺损、卵圆孔未闭等均有病例报道。
目前对16p11.2 缺失的表型异质性仍未有确切的解释，通常认为缺失区域中的部分基因，如：DOC2A、HIRIP3 、MAPK3、SEZ6L2等与临床表型相关，但其具体致病机制仍未明确。临床对16p11.2微缺失的检测主要采用染色体芯片分析（CMA），但随着高通量测序技术被越来越广泛地应用到复杂疾病的研究中，全外显子测序（WES）数据对16p11.2综合征的检测优势也越来越明显，WES不仅能检测单核苷酸变异（SNV）和小片段插入缺失（Indel）外也可检测CNV，从而提高对疾病的诊断率。
参考文献
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